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Nell'aprile dell'896 Formoso morì. Gli successe papa Bonifacio VI, che regnò solo quindici giorni.

Papa Stefano VI, succeduto a Bonifacio, influenzato da Lamberto ed Ageltrude, processò Formoso nell'897, in quello che venne chiamato il "Sinodo del cadavere". Il cadavere di Formoso venne dissotterrato, vestito dei paramenti pontifici e collocato su un trono per rispondere a tutte le accuse che erano state avanzate da Giovanni VIII. Il verdetto stabilì che il deceduto era stato indegno del pontificato. Il defunto papa fu accusato di ambizione smodata per l’ufficio di pontefice e tutti i suoi atti e le sue misure vennero annullati, e gli ordini da lui conferiti vennero dichiarati non validi.
Le vesti papali gli vennero strappate di dosso, le tre dita della mano destra, usate dal papa per le benedizioni, gli vennero tagliate e il cadavere infine fu gettato nel Tevere. Il cadavere percorse, per tre giorni, venti miglia trascinato dalla corrente del fiume, fino a arenarsi su una sponda presso Ostia ove il cadavere fu riconosciuto da un monaco (si dice indirizzato lì da una visione del defunto pontefice)[1] e nascosto dai suoi fedeli finché fu vivo Stefano VI. Dopo la morte di questi e la deposizione del successore Romano, il corpo nascosto venne inumato, per la seconda volta, nella basilica di San Pietro, per volere di papa Teodoro II, che lo avrebbe posto tra le tombe degli apostoli con una pomposa cerimonia. Ulteriori processi contro persone decedute vennero vietati.
In seguito papa Sergio III (904-911) riapprovò le decisioni contro Formoso, chiedendo nuovamente la consacrazione dei vescovi consacrati da Formoso. Poiché però nel corso della loro attività essi avevano conferito l'ordine a molti altri ecclesiastici, ciò causò una grande confusione. Successivamente la validità dell'operato di Formoso venne ripristinata.